Proteolitik bakteriler, bilhassa süt ve süt ürünlerinde proteini parçalayarak istenmeyen koku ve tat oluşumuna neden olan mikroorganizmalardır. Lipolitik bakteriler gibi bu tür bakterilerin de süt ve süt ürünlerinde bulunması istenmemektedir. Bu tür bakterilerin bir kısmı, süt ürünlerinin uzun depolama durumunda ciddi oranda kalite kayıplarına neden olmaktadır.

Bu tür bakteriler genel olarak toprakta ve sularda bulunmaktadır ve içeriğinde zengin protein bulunan gıda maddelerinin bozulmalarına neden olmaktadır. Proteolitik bakterilerin bir kısmı özellikle konserve gıdalarda etkili olmaktadır. Bir kısmı gıda ürünlerde bulunan yağ, karbonhidrat ve proteini parçalayan enzimler üretmektedir. Bir kısmı ise buzdolabında bile çoğalma özellikleri göstermektedir.

Proteolitik bakteri sayısı tayini, laboratuvarlarda standart yayma kültür sayımı yöntemi ile yapılmaktadır. Bu çalışmalarda mikroorganizmaların proteolitik özelliklerinin takip edileceği özel besiyerleri kullanılmaktadır. Bu amaçla en fazla kullanılan besiyeri Calcium Caseinate Agar’dır.

Kısaca proteolitik mikroorganizmalar, proteinleri hidrolize etmekte ve gıda ürünlerinde istenmeyen tat ve kokulara neden olmaktadır. Kuvvetli proteolitik özellikleri yüzünden süt ürünleri, et ürünleri, deniz ürünleri ve peynir çeşitlerinde istenmeyen değişikliklere neden olmaktadır. Özellikle depolama süresi boyunca bu mikroorganizamalar çoğalmakta ve gıdaları tüketilmeyecek duruma getirmektedir.

Proteolitik bakteri sayımı yapılması, gıda ürünlerinde kalite kayıplarının değerlendirilmesinde önemli bir mikrobiyel kriter olmaktadır. Süt ve süt ürünlerinde bozulmaya yol açan psikrotrofik bakterideki proteaz enzimi, uzun ömürlü süt üretiminde pasterizasyon işleminden sonra mikroorganizmalar canlılığını yitirse bile aktivitesini korumaktadır. Bazı küf ve maya ve türleri de proteolitik aktivite gösterebilmektedir.

Gelişmiş laboratuvarlarda, mikrobiyolojik analizler kapsamında gıda maddelerinde proteolitik bakteri sayısı tayinine yönelik çalışmalar da yapılmaktadır. Bu çalışmalar sırasında ulusal ve uluslararası kuruluşlar tarafından yayınlanan standartlar ve test yöntemleri esas alınmaktadır.